Ester Almqvist var en av pionjärerna i arbetet med att introducera den moderna konsten i Sverige.
Ester Almqvist föddes i Bromma där hennes föräldrar arbetade som lärare vid en teologisk skola som drevs av Evangeliska Fosterlands-Stiftelsen (EFS). Fadern Knut Wilhelm Almqvist, som var präst och även föreståndare på skolan i Johannelund, dog då Ester Almqvist var nio år. För att försörja de båda döttrarna arbetade modern som privatlärare och bokhandlare. Ester Almqvist föddes med deformerad rygg, men sökte sig trots detta mot ett yrkesliv som konstnär. Hon utbildade sig vid Tekniska skolan i Stockholm 1888–1891 och efter det på Göteborgs Musei rit- och målarskola, senare Valands konstskola, där Carl Larsson och Richard Bergh undervisade. Som elev vid Konstnärsförbundets skola i Stockholm hade hon Bruno Liljefors och Per Hasselberg som lärare. Skolan startades i opposition mot de akademiska måleriideal som lärdes ut vid Kungliga Akademien för de fria konsterna, Konstakademien. Ester Almqvist var också medlem i Konstnärsförbundet och ställde ut tillsammans med dem både i Sverige och internationellt – bland annat vid världsutställningen i St. Louis, Missouri i USA, 1904.
Från omkring 1918 levde Ester Almqvist i Lund. Hon arbetade, reste till kontinenten, bland annat till Berlin, och ställde ut med flera andra kvinnliga skånekonstnärer. Bland dem fanns Tora Vega Holmström, Ellen Trotzig, Maja Fjæstad, Agnes Wieslander och Agda Holst. Konstnärskollegan Maj Bring reste med henne till Paris. Systern Maria Almqvist flyttade också till Lund och hade som sjukhemsföreståndare en stabil ekonomi, vilket var till hjälp för Ester Almqvist, vars inkomster var mer oregelbundna.
Ester Almqvists stil brukar beskrivas som nationalromantisk och neoimpressionistisk, och från ungefär 1910 expressionistisk. Hennes mest kända målningar är Hängbjörken, 1900, i nationalromantisk anda, och Sågverket, decembersol, 1914, som skildrar ett landskap i expressionistisk stil där vintersolen ger intryck av att skicka vibrerande strålar över hela himlen som fylls av gyllene ljus i stark kontrast till byggnadernas kyligt blålila skuggor.
Året före hennes död 1934 ordnade flera kvinnliga konstnärer, bland dem Siri Derkert, Vera Nilsson och Mollie Faustman, en utställning med Ester Almqvists akvareller på Galleri Färg och Form i Stockholm, för att understryka hennes betydelse som modernistisk pionjär. Ett år efter hennes död arrangerade konstnärens vän och dåvarande amanuensen vid Malmö konstmuseum Nils Gösta Sandblad i samråd med Tora Vega Holmström en minnesutställning på Skånska Konstmuseum i Lund. En minnesutställning visades också samma år i Malmö (dock ej på Malmö Konstmuseum) och tre år senare, 1938, i Stockholm samt på Galerie Moderne i Bryssel. I samband med minnesutställningen i Stockholm 1938 recenserade dåtidens inflytelserika kritiker Gustaf Näsström, Gotthard Johansson och Nils Palmgren alla verk av Ester Almqvist; samtliga dock med utgångspunkt i hennes funktionshinder.
Ester Almqvist är den kvinnliga konstnär som har rikast representation i samlingarna på Malmö Konstmuseum, 2083 verk. Skälet är den donation som hon testamenterade till museet, vilken består av en omfattande samling olje- och akvarellmålningar, kol-, pastell- och blyertsteckningar, grafiska blad samt skissböcker. Samlingens kärna är konst på papper, endast 13 av verken i donationen var oljemålningar. Före donationen ägde museet endast några få teckningar och sex oljemålningar av konstnären. Också Jönköpings läns museum äger flera oljemålningar av konstnären, där separatutställningar med Ester Almqvist visats 1978 och 2014.
Ester Almqvists syster Maria Almqvist grundade Ester Almqvists minnesfond. Stipendier baserade på fondens avkastning delas årligen ut till en eller flera konstnärer födda eller verksamma i Skåne. Stipendiet delades ut första gången 1966, till Barbro Bäckström.
Verk av Ester Almqvist har flera gånger visats i utställningar om kvinnliga pionjärer i modernismen på Säfstaholms slott. Först 2004 med ”… i en ny tids anda”: kvinnliga modernister från 1900 till 1930, året därpå i - att aldrig underkasta sig: tre kvinnliga modernister: Ester Almqvist, Tora Vega Holmström, Ellen Trotzig, och 2010 i ”Härtill är vi tvungna”: Föreningen Svenska konstnärinnor 1910–2010. Ester Almqvist var också en av många kvinnliga konstnärer på grupputställningen De berömda och de glömda: kvinnliga svenska modernister 1900–1930 på Mjellby konstmuseum och Norrköpings Konstmuseum 2006.
Ester Almqvists målning Sammankomsten från 1929 valdes 1991 av FN:s postadministration till motiv för ett frimärke som illustrerar den 20:e artikeln i FN:s deklaration om mänskliga rättigheter, som slår fast att var och en har rätt till frihet i fråga om fredliga möten och sammanslutningar.
Ester Almqvist avled 1934 och hennes grav finns på Norra kyrkogården i Lund.